10月9日，方舟子在微博上呼吁司马南卸载"360安全浏览器"，此后更是连发数条微博，表示360浏览器侵犯用户隐私、窃取用户数据，并指出，360免费杀毒其实也是一个伪命题。昨天，360公司也作出措辞激烈的回应。记者经过多方努力联系到了方舟子。
9日下午，方舟子在搜狐微博上表示："360浏览器已被媒体揭露一点都不安全"，提醒好友司马南注意上网安全。此后，方舟子连发微博，句句针对360的安全问题：
方舟子：所以我就发了一些微博，主要是回答网友的一些提问，基本上后来发的几条微博都是在做解释，回答网友的提问，跟网友在互动。
方舟子在微博中总结360侵犯用户隐私有三个层面：1是360偷窥用户隐私包括用户名、密码、访问记录、内网数据等；2是360上传用户隐私到自家服务器；3是360的服务器没有安全防范措施，导致搜索引擎、以及任何普通用户，都可以通过公开合法的方式获得用户隐私数据。
方舟子：根据我看到的一些证据，能够表明它把用户的隐私资料，包括像上网的ID、密码等等都给收集了，而且是不加密的就传到服务器上，我们通过谷歌、百度等这些搜索引擎搜一下的话，可以把这些密码搜出来，这个就非常危险了。
针对方舟子的质疑，昨天中午，360给记者发来一封措辞强硬的声明邮件，并通过360安全卫士在新浪的认证微博发布声明回激烈回应。声明中将矛头直指360搜索引擎竞争对手之一的百度，认为是百度在指使方舟子抹黑360安全浏览器，目的就在于遏制360搜索，并称有网友爆料方舟子此番公开批评360，是被百度以金钱收买和利用。但截至目前周鸿祎本人的电话一直未能接通。方舟子透露，360在发布声明前其实多次试图与其接触，但都被他拒绝。
方舟子：我前天质疑了360以后，360马上想找人来公关我，就通过各种关系想来跟我私下沟通，我不是360用户，所以你想跟我私下沟通没有任何意义，所以当时我拒绝了，沉默了一天。今天突然发了一个声明造谣什么的，根据网友爆料，被百度收买等等，下一步我会去起诉奇虎360公司，因为他们发的声明，我觉得是非常恶劣的，造谣说我拿了百度的钱，被百度收买来攻击他们，这个对我名声造成很大损害。
方舟子说目前已经有不少人向他发送360侵犯用户隐私的证据，他在整合掌握了证据后不排除将360设为他的打假目标的可能性：
方舟子：这几天，自从我前天开始谈这件事，就有各种各样的人向我寄各种各样的材料来证明说360浏览器确实是在抓取他们隐私材料等等。如果我觉得有说服力的，比较确凿的，能够进行核实的，我就把它给放出去。
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